胃・十二指腸潰瘍の原因は様々なものが考えられます。ある人が胃・十二指腸潰瘍に罹ったとしても、その原因を一つのことに特定するのは不可能と言えるでしょう。よく聞かれるのが、胃・十二指腸潰瘍の十二指腸潰瘍の原因はストレスであるということです。これは非常にあり得ることですが、実際は一人の人間がどのくらいストレスに晒されたかということを正確に計測することなどできませんから、ストレスとの関連を確実に証明するのは不可能だと言えます。とは言え、医学的経験として、ストレスが胃・十二指腸潰瘍の原因であることを疑う人はまずいないでしょう。ストレスとしてすぐ思いつくのが精神的ストレスですが、物理的ストレス、つまり肉体に与えるストレスも、当然胃・十二指腸潰瘍の原因となります。そのもっとも分かりやすい例が暴飲暴食でしょう。
しかし近年では胃・十二指腸潰瘍の原因として「ピロリ菌」の存在が大きく浮上しています。しかも胃・十二指腸潰瘍患者のうち、ピロリ菌は非常に高い確率で原因となっているともされています。ただ、ピロリ菌に感染していても、胃・十二指腸潰瘍になるのはそのうちの約2～3％だと見られています。
その他の原因としては、不規則な生活や刺激の強い薬物なども挙げられます。
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